비영리내국법인이 출연 받은 부동산을 매각할 경우 취득가액의 산정 ​

비영리내국법인이 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득을 신고한 경우에는 「법인세법」 제62조의2 제4항 단서조항이 적용되지 않는 것임

[회신] 비영리내국법인이 부동산의 양도로 인하여 발생하는 소득을「법인세법」제60조에 따라 과세표준과 세액을 신고한 경우에는 같은 법 제62조의2 제4항 단서조항이 적용되지 않는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의법인은「국세기본법」제13조 제2항에 따라 승인을 받은 법인으로 보는 단체로 수익사업을 영위하고 있지 않음 ○ 고유목적사업에 직접 사용하고 있는 출연받은 부동산을 받은 날로 부터 3년 이내에 양도함 2. 질의내용 ○ 법인으로 보는 단체가 출연받은 부동산을 고유목적사업에 직접 사용 중에 출연받은 날로부터 3년이내에 양도하여 - 「법인세법」제60조 제1항에 따라 각 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월이내에 법인세 신고를 하는 경우 - 해당 부동산의 취득가액을「법인세법」제62조의2 제4항에 따른 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례시 적용되는 취득가액으로 적용 가능한지 여부 3. 관련법령 ○ 국세기본법 제13조 【법인으로 보는 단체 등】 ① 법인( 「법인세법」 제2조제1호 에 따른 내국법인 및 같은 조 제3호에 따른 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것 2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것 ② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다. 1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것 2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유ㆍ관리할 것 3. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것 ○ 법인세법 제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월(제60조의2 제1항 본문에 따라 내국법인이 성실신고확인서를 제출하는 경우에는 4개월로 한다) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. ② 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 1. 기업회계기준을 준용하여 작성한 개별 내국법인의 재무상태표ㆍ포괄손익계산서 및 이익잉여금처분계산서(또는 결손금처리계산서) 2. 대통령령으로 정하는 바에 따라 작성한 세무조정계산서(이하 "세무조정계산서"라 한다) 3. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 ③ 제1항은 내국법인으로서 각 사업연도의 소득금액이 없거나 결손금이 있는 법인의 경우에도 적용한다. ④ 내국법인이 합병 또는 분할로 해산하는 경우에 제1항에 따른 신고를 할 때에는 그 신고서에 다음 각 호의 서류를 첨부하여야 한다. 1. 합병등기일 또는 분할등기일 현재의 피합병법인ㆍ분할법인 또는 소멸한 분할합병의 상대방법인의 재무상태표와 합병법인등이 그 합병 또는 분할에 따라 승계한 자산 및 부채의 명세서 2. 그 밖에 대통령령으로 정하는 서류 ⑤ 제1항에 따른 신고를 할 때 그 신고서에 제2항제1호 및 제2호의 서류를 첨부하지 아니하는 경우 이 법에 따른 신고로 보지 아니한다. 다만, 제4조 제3항 제1호 및 제7호에 따른 수익사업을 하지 아니하는 비영리내국법인은 그러하지 아니하다. ⑥ 납세지 관할 세무서장 및 관할지방국세청장은 제1항과 제2항에 따라 제출된 신고서 또는 그 밖의 서류에 미비한 점이 있거나 오류가 있을 때에는 보정할 것을 요구할 수 있다. ⑦ 제1항에도 불구하고 「주식회사 등의 외부감사에 관한 법률」 제4조 에 따라 감사인(監査人)에 의한 감사를 받아야 하는 내국법인이 해당 사업연도의 감사가 종결되지 아니하여 결산이 확정되지 아니하였다는 사유로 대통령령으로 정하는 바에 따라 신고기한의 연장을 신청한 경우에는 그 신고기한을 1개월의 범위에서 연장할 수 있다. ⑧ 제7항에 따라 신고기한이 연장된 내국법인이 세액을 납부할 때에는 기한 연장일수에 금융회사 등의 이자율을 고려하여 대통령령으로 정하는 이자율을 적용하여 계산한 금액을 가산하여 납부하여야 한다. 이 경우 기한 연장일수는 제1항에 따른 신고기한의 다음 날부터 신고 및 납부가 이루어진 날(연장기한까지 신고납부가 이루어진 경우만 해당한다) 또는 연장된 날까지의 일수로 한다. ⑨ 기업회계와 세무회계의 정확한 조정 또는 성실한 납세를 위하여 필요하다고 인정하여 대통령령으로 정하는 내국법인의 경우 세무조정계산서는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자로서 대통령령으로 정하는 조정반에 소속된 자가 작성하여야 한다. 1. 「세무사법」에 따른 세무사등록부에 등록한 세무사 2. 「세무사법」에 따른 세무사등록부 또는 세무대리업무등록부에 등록한 공인회계사 3. 「세무사법」에 따른 세무사등록부에 등록한 변호사 ○ 법인세법 제62조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 신고 특례】 ① 비영리내국법인(제4조 제3항 제1호에 따른 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제4조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 자산양도소득은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다. 1. 「소득세법」제94조 제1항 제3호에 해당하는 주식등과 대통령령으로 정하는 주식등 2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다) 3. 「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호의 자산 ② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조 를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다. ③ 제2항을 적용할 때「소득세법」제92조를 준용하여 계산한 과세표준은 자산의 양도로 인하여 발생한 총수입금액(이하 이 조에서 "양도가액"이라 한다)에서 필요경비를 공제하고, 공제한 후의 금액(이하 "양도차익"이라 한다)에서「소득세법」제95조제2항 및 제103조에 따른 금액을 공제하여 계산한다. ④ 제3항에 따른 양도가액, 필요경비 및 양도차익의 계산에 관하여는 「소득세법」제96조부터 제98조까지 및 제100조를 준용한다. 다만, 「상속세 및 증여세법」에 따라 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연(出捐)받은 비영리내국법인이 대통령령으로 정하는 자산을 양도하는 경우에는 그 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 그 법인의 취득가액으로 하며,「국세기본법」제13조 제2항에 따른 법인으로 보는 단체의 경우에는 같은 항에 따라 승인을 받기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. ⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다. ⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제75조의3을 준용한다. ⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조 부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우「소득세법」제112조를 준용한다. ⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다. ⑨ 제1항부터 제8항까지의 규정에 따른 자산양도소득에 대한 특례의 적용방법 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. ○ 법인세법 시행령 제99조의2 【비영리내국법인의 자산양도소득 신고 특례】 ① 법 제62조의2 제1항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 주식등"이란「소득세법」제94조 제1항 제4호 나목(주식등에 한한다) 및 동법 시행령 제158조 제1항 제1호·제5호에 규정된 자산을 말한다. ② 법 제62조의2 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도소득에 대한 과세특례는 동조 제1항 각호의 규정에 의한 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도 단위별로 이를 적용한다. 이 경우 각 사업연도 단위별로 이를 적용하지 아니한 때에는 당해 사업연도의 양도소득에 대하여는 법 제62조의2의 규정을 적용하지 아니한다. ③ 법 제62조의2 제4항 단서에서 "대통령령으로 정하는 자산"이란 출연받은 날부터 3년 이내에 양도하는 자산을 말한다. 다만, 1년 이상 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사업(보건업 외에 제3조 제1항에 해당하는 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 자산을 제외한다. 1. 법령에서 직접 사업을 정한 경우에는 그 법령에 규정된 사업 2. 행정관청으로부터 허가·인가 등을 받은 경우에는 그 허가·인가 등을 받은 사업 3. 제1호 및 제2호외의 경우에는 법인등기부상 목적사업으로 정하여진 사업 ④「상속세 및 증여세법」에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 제3항의 규정을 적용하지 아니한다. ⑤ 비영리내국법인이 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 한 경우에도 법 제60조 제1항의 규정에 의하여 과세표준의 신고를 할 수 있다. 이 경우 예정신고납부세액은 법 제64조의 규정에 의한 납부할 세액에서 이를 공제한다. ⑥ 법 제62조의2 제7항의 규정에 의하여 양도소득과세표준 예정신고를 하는 경우에는 기획재정부령이 정하는 양도소득과세표준예정신고서를 제출하여야 한다. ○ 법인세법 제4조 【과세소득의 범위】 ① 내국법인에 법인세가 과세되는 소득은 다음 각 호의 소득으로 한다. 다만, 비영리내국법인의 경우에는 제1호와 제3호의 소득으로 한정한다. 1. 각 사업연도의 소득 2. 청산소득(淸算所得) 3. 제55조의2에 따른 토지등 양도소득 ③ 제1항 제1호를 적용할 때 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한정한다. 1. 제조업, 건설업, 도매 및 소매업 등「통계법」제22조에 따라 통계청장이 작성ㆍ고시하는 한국표준산업분류에 따른 사업으로서 대통령령으로 정하는 것 2. 「소득세법」 제16조 제1항 에 따른 이자소득 3. 「소득세법」 제17조 제1항 에 따른 배당소득 4. 주식ㆍ신주인수권 또는 출자지분의 양도로 인한 수입 5. 유형자산 및 무형자산의 처분으로 인한 수입. 다만, 고유목적사업에 직접 사용하는 자산의 처분으로 인한 대통령령으로 정하는 수입은 제외한다. 6. 「소득세법」제94조 제1항 제2호 및 제4호에 따른 자산의 양도로 인한 수입 7. 그 밖에 대가(對價)를 얻는 계속적 행위로 인한 수입으로서 대통령령으로 정하는 것 4. 관련예규 등 ○ 서면인터넷방문상담2팀-102, 2008.01.16. 「법인세법」제62조의2 제2항에 의해 비영리내국법인이 자산양도소득을 산정함에 있어 같은 조 제4항 단서조항 및 같은 법 시행령 제99조의2 제3항에 의해 출연받은 날부터 3년 이내 자산을 양도하는 경우에 있어서는 당해 자산을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하는 것이나, 같은 법 시행령 제99조의2 제5항에 의해 상속세 과세가액 또는 증여세 과세가액에 산입되지 아니한 출연재산이 그 후에 과세요인이 발생하여 그 과세가액에 산입되지 아니한 상속세 또는 증여세의 전액 상당액이 부과되는 경우에는 같은 법 시행령 제99조의2 제3항의 규정이 적용되지 아니하는 것입니다.